在《女医明妃传》这部剧中，故事的主线围绕着女主角谭允贤的个人成长以及她与两位男主角朱祁镇和朱祁钰之间的感情纠葛展开。剧情从允贤初入宫中学习医术开始，逐步展现了她在医学领域的成就以及面对复杂宫廷斗争时的智慧与勇气。
剧集的高潮部分发生在允贤被卷入兄弟争位的风波之中。朱祁镇因战败被俘，而弟弟朱祁钰则趁机登基。允贤在这一过程中既面临着亲情的考验，也承受着爱情上的痛苦抉择。最终，在一系列波折之后，允贤选择留在京城继续行医救人，并且将更多精力投入到中医药事业的发展上。
至于具体的结局，则是允贤成功治愈了许多疑难杂症，并且编写了一本重要的医学著作，为后世留下了宝贵的医学财富。同时，她与朱祁镇之间的感情也得到了升华，两人虽然未能长相厮守，但却共同经历了一场刻骨铭心的爱情。
整部剧通过允贤的成长历程向观众传递了积极向上的价值观，强调了坚持自我、追求真理的重要性。此外，剧中对于明朝历史背景的描绘也为观众提供了一个了解那段时期文化风貌的机会。总之，《女医明妃传》不仅是一部关于爱情的故事，更是一部充满正能量的作品。
