首先，在面对情节复杂的案件时，执法人员应当注重证据的收集与核实。这包括但不限于现场勘查、证人询问、物证检验等多个环节。只有确保所有证据的真实性和合法性，才能为后续的法律程序提供坚实的基础。同时，还应考虑到不同证据之间的关联性，以形成完整的证据链，避免因个别证据存在瑕疵而影响整个案件的公正审理。
其次，针对重大违法行为，除了依法给予相应的行政处罚外，还需考虑如何通过教育引导等方式促使违法者改正错误行为，从而达到预防再犯的目的。例如，可以组织相关责任人参加法律法规培训课程，增强他们的法治意识；或者要求企业在一定期限内整改存在的问题，并接受监督评估等措施。
此外，在具体操作过程中，还应注意保护当事人的合法权益不受侵害。这意味着既要严格按照法律规定执行各项措施，又要兼顾实际情况灵活应对可能出现的新情况新问题。比如，在设定罚款金额时，除了参考违法所得数额等因素外，还要结合企业的经营状况合理确定，以免给企业造成过重负担甚至导致破产倒闭等情况发生。
总之，在处理情节复杂或重大违法行为时，行政机关不仅要有严格依法办事的原则性，同时也需要体现人文关怀和服务意识。这样才能既维护了社会公平正义，又促进了经济社会健康发展。
